Javaだけに限らないけど、
ログ出力の設定ファイル(log4j.propertiesなど)が何も間違っていないのに、
ログが出力されない場合、
ログの出力先のディレクトリの権限がおかしいかも知れない。
APサーバはtomcatとする。
まず大前提として
tomcatを起動したユーザと、
ディレクトリを作成したユーザが同じである必要がある。
コマンド:llで対象のディレクトリの所有者を確認する。
それがtomcatを起動したユーザと、一致していかった場合、
コマンド:chownで所有者を変更する。
これで起動者と所有者を一致させることでログが吐けるようになるかもしれない。