JSPファイル等をデフォルトエンコードを指定するには

[ウィンドウ]＞[設定]＞[一般]＞[コンテンツ・タイプ] で、ファイルタイプごとにデフォルト・エンコードの設定

http://www.deftrash.com/blog/archives/2006/09/eclipse_encoding.html